北京协和医院是我国最早承担外宾医疗任务的单位，医院专门设立外宾和高干门诊部，承担着大量的高干和外宾的门诊和急诊医疗任务，开设专门的高干、外宾、特需病区。医院每年承担国家级、省部级等科研课题近240余项，近十五年来，该院获得国家科技进步奖22项，省部级科研奖百余项。近5年，在国内外发表学术论文3550余篇，近二年，在SCI收录的国际期刊上发表影响因子大于1.0的高水平论文30篇。

　　医院的消化内科、内分泌科、妇产科、麻醉科、血液科、心内科、风湿免疫科、皮肤科、病理科、放射科、核医学科、超声诊断科为国家级重点学科。医院有风湿免疫疾病、垂体瘤神经外科、滋养细胞肿瘤、糖尿病、骨质疏松及代谢骨病、胰腺外科、造血干细胞移植、整形美容、变态反应疾病、血管外科、骨关节、脊柱侧弯、肥胖症、肾移植、人工耳蜗、医学影象及介入、妇女更年期指导等各种很有特色的临床研究诊治中心37个，为医院的医教研工作的发展起到了积极作用。

　　北京协和医院在《2007全国医院排名》中综合排名名列第一，神经内科排名名列第五，心血管病科排名名列第三，耳鼻喉科排名名列第二，眼科排名名列第二，妇产科排名名列第一，口腔科排名名列第六，消化内科排名名列第三，呼吸内科排名名列第三，内分泌科排名名列第一。